Conseil transversal rassemble l'ensemble des siths de la guilde, c'est ce conseil qui traite l'ensemble des affaires courantes de Coeur Noir, oriente ses décisions et reçoit les demandes du Conseil Noir et de l'empereur. Les non siths peuvent être appelés au Chapitre pour des cessions nécessitant leurs compétances, il prennent alors part aux délibérations de façon ponctuelle sans être considérés comme membres.
Le Chapitre est nominalement dirigé par la Main de l'Empereur, personnage mystérieux (peut être même collectif) en relation directe avec l'Empereur. La Main n'est jamais apparue physiquement au Chapitre, elle a nommé 2 représentants, les Obscurs, qui assurent en pratique la direction du chapitre. Les Obscurs sont assistés par le troisième membre remarquable du Chapitre : le Chancelier Noir. Le Chancelier constitue l'interface entre le Chapitre et les autres organnes de Coeur Noir, c'est notamment lui qui doit répercuter et exécuter les décisions auprès des membres profanes de l'organisation. Le Chancelier s'occupe enfin de la branche logistique (artisans et ressources).

Elle est dirigée par le Général de guerre. Elle rassemble tous les membres (sith et non sith) versés dans l'art du combat ouvert (non furtif). Selon la croissance des effectifs, elle pourra se subdiviser en une division d'assaut et une division de soutien. Cette branche se spécialise dans les opérations de combat à outrance, la protection des intérets de Coeur Noir dans la galaxie et les missions de soutien à la machine de guerre imperiale.

Elle est dirigée par le Maitre des Assassins. Elle rassemble tous les membres (sith et non sith) versés dans l'art du combat furtif et du renseignement. Selon la croissance des effectifs, elle pourra se subdiviser en une division du renseignement et une division d'action. Cette branche se spécialise dans les opérations de renseignement au sens large, dans les missions commando et dans les opérations d'assassinat, enlèvement, capture. C'est elle aussi qui pilote les activités de subversion politique et d'infiltration.

Selon la nature des opérations menées, elles sont dirigées par l'une ou l'autre branche. Le commandement peut cepandent requérir les services d'éléments de la branche non concernée. Les troupes sont alors détachées de leur branche d'origine et placées sous la direction de l'officier en charge de l'opération. Dans tous les cas, l'opérationel prime sur la nature des éléments engagés, ce qui implique que des siths devront dans certains cas accepter les ordres de non siths. Si les officiers en charge d'une branche sont siths, ils portent leurs titres au Chapitre et se placent juste après le Chancelier Noir.